...
...

AMBER 11 на базе GPU

AMBER 11, новая версия популярного приложения для биохимиков и других ученых, занимающихся молекулярной динамикой, оптимизирована для работы с графическими процессорами NVIDIA, которые обеспечивают прирост скорости вычислений до 100 раз по сравнению с традиционным сервером на базе CPU. Графические процессоры дарят производительность, которую раньше можно было достичь только на суперкомпьютерах. Теперь ученым не придется ждать своей очереди на единственный суперкомпьютер или кластер серверов факультета.

AMBER 11 использует преимущества графических процессоров серии NVIDIA Tesla 20, включая архитектуру параллельных вычислений CUDA, специально созданную для ресурсоемких вычислительных приложений. В первых тестах AMBER д-р Уолкер получил более десяти отчетов о тридцатикратном приросте скорости вычислений в биомолекулярных симуляциях.

Д-р Уолкер отмечает, что всего один GPU Tesla обеспечивает такую же мощь, как и кластер из 512 CPU при симулировании одной наносекунды в жизненном цикле 25000-атомной нуклеосомы. В более простой симуляции растворителя, например в бенчмарке JAC, один GPU Tesla обеспечивает вычислительную мощь, эквивалентную 48 ядрам суперкомпьютера NSF Ranger.



© Компьютерная газета